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CADD計算平臺1.0教程

云計算平臺入口http://cloud.yinfotek.com

1.背景

 

本教程以絲氨酸/蘇氨酸-蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase)B-Raf 為例,演示如何使用“殷賦科技 Dock6 計算平臺”(以下簡稱“本平臺”)進行蛋白-配體結合模式預測。

 

所用蛋白晶體結構為野生型 B-Raf(以下簡稱“蛋白”)和抑制劑 BAY43-9006(以下簡稱“小分子”)的復合物。通過本平臺將小分子對接到 B-Raf 的口袋中,采用 RMSD 計算比較小分子的預測結構與晶體構象的差異,采用相互作用分析研究蛋白-小分子的結合模式。

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